В последние дни Второй мировой камикадзе Коити Сикисима посадил самолёт на острове Одо, где располагалась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на них напал непонятно откуда взявшийся огромный ящер Годзилла — именно так называли его местные.

Коити возвращается в разрушенный бомбардировками Токио (родители погибли, от дома остались одни обломки) и пытается жить дальше. К нему прибивается тоже потерявшая семью девушка с младенцем, которого она спасла во время воздушного налёта. Время идёт, жизнь налаживается, Коити работает в команде по обезвреживанию мин в Токийском заливе, и однажды их хлипкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё больше и ещё свирепее.